水利系是吉林省唯一一所水利专业高职院系，也是吉林省唯一一所具有河湖长专业特色院系，是学院的龙头教学二级单位。目前主要开设有水利水电建筑工程、水利水电工程管理、水务管理、水利工程、水利水电工程技术等五个高职专业。其中水利水电建筑工程专业是学校的示范专业和优质专业，也是吉林省水利厅支持的重点专业。目前，系部有全日制在校学生1200余人，共计31个专业教学班级。

水利系在建设过程中，通过外出培训、引进特殊人才等措施，着力加强师资队伍建设，师资力量雄厚，拥有省级教学名师2人，副教授5人，硕士研究生学历以上教师、工程师、讲师以上职称教师和“双师”型教师所占比例在80%以上，同时聘请了一大批校外兼职教师和外聘教师。

水利系现拥有供教学、生产和科研综合使用的校内多功能实训室（场），除了传统的土工、建材、测量实训室，还运用现代信息技术建成了两个计算机实验室，目前水利系还申报了建设水工制图实验室、水利工程虚拟仿真实训场、水质分析实验室等现代化实训基地，为教学、生产和科研提供了有力的保障。

随着校企合作的不断拓展，水利系现与中国水利水电第六工程局有限公司、吉林省水利水电工程局有限公司、广东省水利水电建设有限公司等多家国有大型企业以及各地市水利行政主管部门建立了长期稳定的合作关系，保障了学生的就业质量和就业前景。

水利系组织学生参加各类职业技能大赛、创新创业大赛。2019年，水利系学生在全国大学生全国水利职业院校“巴渝杯”技能大赛等技能大赛中获得五个二等奖、五个三等奖奖，在“互联网+”大学生创新创业大赛等创新创业大赛中获得一项银奖、一项铜奖。

水利系教学团队团结向上，教学严谨，注重实践，为吉林省及全国水利建设与管理做出了突出贡献。水利系各专业已培养毕业生主要从事水利水电工程和其它土木工程的勘测、设计、施工、监理、管理工作。近来年毕业生主要从事水利水电工程和其它土木工程的勘测、设计、施工、监理工作，毕业生就业前景较好。